Viktor Kovalenko a inscrit le seul but de la rencontre dans le temps additionnel (90+1e), synonyme de troisième défaite à domicile en championnat pour le Napoli au stade Diego-Armando-Maradona.
Un mois après une trêve internationale d'octobre émaillée de rumeurs de départ de Rudi Garcia et de son remplacement par Antonio Conte, celle de novembre s'annonce très mouvementée à Naples.
Son équipe, qui pouvait prendre place sur le podium au lendemain du nul de l'AC Milan à Lecce (2-2), reste 4e (21 pts), mais accuse huit longueurs de retard sur la Juventus, leader en attendant le match de l'Inter face Frosinone en début de soirée.
Les Napolitains ont été copieusement sifflés par leurs supporters qui attendent une victoire à domicile depuis le 27 septembre (4-1 contre l'Udinese).
Quatre jours après le nul (1-1), déjà à domicile, en Ligue des champions contre l'Union Berlin qui restait sur douze défaites de suite, Garcia a tenté un électrochoc qui n'a pas fonctionné.
Il a procédé à quatre changements, laissant notamment Khvicha Kvaratskhelia sur le banc, tandis que son gardien de but titulaire Alex Meret s'est blessé lors de l'échauffement et a été remplacé par Pierluigi Gollini.
Mais sans Kvaratskhelia, ni Victor Osimhen, blessé depuis trois semaines, le Napoli a fait pâle figure face à Empoli qui s'est créé la seule occasion de la première période, un tir en pivot de Nicolo Cambiaghi (35e) détourné en corner par Gollini.
L'entrée de Kvaratskhelia, à la 54e minute sous une pluie battante, a redonné espoir aux tifosi napolitains, mais l'attaquant géorgien a buté sur le gardien d'Empoli (60, 79 et 89e), avant le coup de tonnerre signé Kovalenko.