Arrivée au Bayern Munich en 2013, le technicien espagnol a remporté 3 titres de champion de Bundesliga, 2 coupes d'Allemagne, une super coupe et une coupe du monde des clubs. L’échec en Ligue des champions reste comme une tache noire dans son palmarès avec l’équipe allemande. Cela n’empêche pas pour autant de dire qu’il part la tête haute.